Музей истории города Улан-Удэ был создан 10 декабря 1999 года Постановлением Администрации города Улан-Удэ. В июне 2000 года музей начал работать по адресу ул. Свердлова, 13. В марте 2001 года мэр города Улан-Удэ выделил для музея дом купца потомственного почётного гражданина Ивана Флегонтовича Голдобина в исторической части города по адресу ул. Ленина 26.

Иркутский купец I-ой гильдии И. Ф. Голдобин приобрёл усадьбу в центре Верхнеудинска в 1879 году. Усадьба была перестроена по чертежам Н. А. Паув. 20-21 июня 1891 года в доме Голдобиных останавливался цесаревич Николай, будущий император Николай II, посетивший Верхнеудинск на обратном пути его путешествия по странам Азии. В 1892 году после смерти И. Ф. Голдобина владелицей усадьбы стала его жена Елизавета Ивановна Голдобина (позже Кукель). В 1900-е годы Елизавета Ивановна переехала в Киев, а владельцем усадьбы стал сын Ивана Флегонтовича — Николай Иванович Голдобин.

После Октябрьской революции дом был реквизирован по решению Совета рабочих, крестьянских и солдатских депутатов. В годы Советской власти в доме располагались различные учреждения, некоторые помещения использовались как жилые квартиры.

9 июля 1996 года Постановлением Правительства Республики Бурятия дом был объявлен памятником архитектуры и градостроительства.